Vũ Văn Hóa Cập tôn Tần vương Dương Hạo làm hoàng đế, và sau đó quyết định từ bỏ Giang Đô để tiến về phương Bắc, đưa cả Tiêu hoàng hậu cùng các cung nữ đi theo. Tuy nhiên, Vũ Văn Hóa Cập lại liên tục thất bại khi giao chiến, và đến mùa thu năm 618 đã quyết định đầu độc Dương Hạo để soán vị (để được làm hoàng đế trước khi thất bại).

Năm 619, Hạ vương Đậu Kiến Đức (một thủ lĩnh nổi dậy) bắt giữ và xử tử Vũ Văn Hóa Cập. Sau đó, ông đến yết kiến Tiêu hoàng hậu và xưng thần. Đậu Kiến Đức còn cho an trí bà ở Vũ Cường. Lúc bấy giờ, thế lực của người Đột Quyết ở phía bắc ngày càng lớn mạnh, nhiều lần đe dọa Trung Nguyên. Khi ấy, Khả hãn (thủ lĩnh) của Đột Quyết có hôn ước với Nghĩa Thành công chúa (em gái Tùy Dạng Đế năm xưa), tức em chồng của Tiêu thị.

Nghĩa Thành công chúa ngỏ ý muốn Đậu Kiến Đức đưa Tiêu Hoàng hậu đến chỗ mình. Đậu Kiến Đức không dám một mình đối kháng của người Đột Quyết, đành phải ngoan ngoãn giao nộp mỹ nhân, Nam Dương công chúa cũng đi theo mẹ.

Khi ở Đột Quyết, một trong số các phi tần của Dương Giản đã hạ sinh một di phúc tử, đặt tên là Dương Chính Đạo (楊政道). Tiêu hoàng hậu nuôi dưỡng Dương Chính Đạo, còn Xử La khả hãn sau đó phong Chính Đạo làm Tùy vương. Tiêu hoàng hậu sau đến sống ở Định Tương, qua 2 đời thủ lĩnh của người Đột Quyết là Xử La Khả Hãn và sau đó là Hiệt Lợi Khả Hãn. Trong những năm này, các khả hãn Đột Quyết tiếp tục sử dụng Dương Chính Đạo để thu hút người Trung Nguyên hàng phục, nhằm cạnh tranh thế lực với triều Đường.

Năm 630, khi Đường Thái Tông phái tướng Lý Tĩnh đi đánh Đột Quyết, Khang Tộ Mật (康蘇密) đã đầu hàng Đường và đưa Tiêu hoàng hậu cùng Dương Chính Đạo đến chỗ quân Đường. Thời điểm đó Tiêu hoàng hậu đã 63 tuổi, Đường Thái Tông còn tổ chức một bữa tiệc xa hoa đầy những cao lương mỹ vị, cho ca nữ đàn hát cả ngày, thắp đèn rực sáng khắp cung điện để chào đón bà. Lúc ấy, Đường Thái Tông có hỏi Tiêu thị: "Khanh thấy cảnh tượng trước mắt thế nào so với Tùy cung năm xưa?".

Kỳ thực, cảnh tượng bấy giờ còn thua xa so với vẻ xa xỉ trong cung điện nhà Tùy năm nào. Trước kia, Dương Quảng (người chồng đầu tiên của Tiêu thị) vốn rất thích ăn chơi hưởng lạc, mỗi khi có yến tiệc đều đốt đèn mà dùng dạ minh châu để thắp sáng, còn cho người đốt đàn hương (hương liệu cao cấp), khiến cung điện chẳng khác gì chốn bồng lai tiên cảnh.

Bà không tiện so sánh, liền khôn khéo mà nói: "Bệ hạ là Hoàng đế khai quốc, sao lại đem mình đi so sánh với một vị vua làm mất nước?" Đường Thái Tông nghe vậy rất mực hài lòng, càng thêm hậu đãi bà. Dương Văn Quán (楊文瓘) muốn thẩm vấn Tiêu hoàng hậu để xem có quan lại triều Đường nào bí mật liên hệ với bà không, song Đường Thái Tông từ chối. Do em trai của Tiêu hoàng hậu là Tiêu Vũ một trọng thần dưới thời Đường Cao Tổ và Đường Thái Tông, bà vẫn có được danh giá ở một mức độ nhất định tại kinh thành Trường An. Sau đó, Tiêu hoàng hậu đã phụ trách việc cải táng Dạng Đế theo đúng lễ nghi.

Bà qua đời vào ngày 17 tháng 4 năm 648 tại Trường An và được hợp táng tại Giang Đô cùng với Dạng Đế với nghi lễ Hoàng hậu.